Do podstawowych zadań Samodzielnego Stanowiska Pracy ds. Granicznego Punktu Kontroli Sanitarnej należy w szczególności:

1. kontrole dokumentacji i oględzin masy towarowej importowanego środka spożywczego oraz materiałów i wyrobów przeznaczonych do kontaktu z żywnością;

2. pobieranie próbek środków spożywczych z importu do badań laboratoryjnych;

3. wydawanie świadectw o braku zastrzeżeń, co do jakości zdrowotnej importowanych środków spożywczych;

4. opracowywanie decyzji o zakazie wprowadzenia na terenie terytorium Rzeczypospolitej Polskiej partii środka spożywczego, dozwolonej substancji dodatkowej, innego składnika żywności lub substancji pomagającej w jej przetwarzaniu oraz materiałów i wyrobów przeznaczonych do kontaktu z żywnością;

5. współpraca z organami celnymi w zakresie wynikającym z obowiązujących przepisów;